Tras un gran año con el Manchester City y la selección española, Rodrigo Hernández exculpa a Simeone de su marcha del Atlético. Así, elogia al técnico argentino y revela que los que le invitaron a irse fueron los directivos colchoneros: «No confiaban en mí»
El 24 de mayo de 2018 se confirmó oficialmente su traspaso al Atlético de Madrid desde el Villarreal por unos 20 millones de euros. Debutó con el Atlético en la Supercopa de Europa ante el Real Madrid donde se proclamó campeón (2-4). Se convirtió en el jugador titular en su posición y marcó su primer gol en la victoria (3-2) ante el Athletic Club en noviembre. Volvió a marcar ante el Deportivo Alavés ese mismo mes. Tras no tener continuidad decidió no continuar su aventura atlética y el 3 de julio de 2019 depositó en la sede de la liga su cláusula de rescisión de 70 millones de euros, con la intención de formar parte del Manchester City de Pep Guardiola.
Varios meses se ha machacado al Cholo Simeone por la salida de Rodri del Atlético de Madrid, pero el laureado centrocampista no sólo ha exculpado al argentino señalando a la dirección deportiva del club, sino que además ha elogiado al Cholo y ha manifestado que gracias a él hoy es un jugador mucho más completo: «Simeone me hizo crecer en muchas facetas como en la competitiva, la de querer ganar siempre, la de los duelos… He añadido todo eso a mi juego, que es necesario también en un equipo que juega bien al fútbol».
«El Atlético es mi casa, me lo ha dado todo. Probablemente sea el club donde más cosas he vivido. Es en este club donde empieza la ilusión por llegar a ser profesional. Pero llegó un momento en el que cambió la dirección deportiva del club y empezaron a apostar por otro estilo de juego, quizá más físico, y empecé a sentir que perdían la confianza que hasta ese momento había puesta en mí». «Tras un año sin jugar, tuve que tomar la dura decisión de marcharme», sentenció el futbolista español.
